Во всех нормативных актах, регулирующих осуществление воинского учета, речь идет об организациях, что означает любое юридическое лицо. Никаких исключений относительно формы собственности, организационно-правовой формы, наличия/отсутствия работников и пр. не предусмотрено. Значит, любая НКО – работодатель, если есть военнообязанные работники, обязана вести воинский учет.