С момента своей регистрации все некоммерческие организации, наравне с иными юридическими лицами, применяют общую систему налогообложения. Применение этой системы означает, что НКО придется вести учет и отчитываться по трем основным налогам: налогу на прибыль, налогу на добавленную стоимость и налогу на имущество организаций.

ОСН, что логично, более сложна в администрировании, чем упрощенная система, которой посвящена отдельная статья: нужно вести учет и отчитываться по большему количеству налогов. Однако, она имеет и свои преимущества.

При применении ОСН НКО не ограничена в количестве работников, размере выручки (пределы установлены для упрощенной системы), в открытии филиалов. В случае наличия налогооблагаемых доходов НКО может «выйти в ноль», если расходы равны либо превысили доходы, что актуально, например, при заключении договора субсидии. Применение упрощенной системы всегда предусматривает хотя бы минимальный налог при наличии объектов налогообложения.

Существенным минусом ОСН является то, что НКО не имеет права на применение пониженного тарифа страховых взносов, так как это возможно только для НКО на упрощенной системе.

Таким образом, выбор системы налогообложения необходимо производить, взвесив все плюсы и минусы каждой из них в конкретной ситуации.

Правила начисления и уплаты налога на добавленную стоимость (НДС) утверждены в главе 21 Налогового кодекса. Налогоплательщиками НДС являются юридические лица, которые реализуют на территории Российской Федерации товары, работы или услуги.

Налоговая ставка НДС составляет по общему правилу 20%. Налоговым кодексом утвержден список определенных товаров и услуг, которые облагаются по ставке 10%, по ставке 0% либо вообще не облагаются НДС.

Некоммерческие организации являются плательщиками НДС только в том случае, если они занимаются деятельностью, приносящей доход. В этом случае организация обязана начислить и уплатить НДС в бюджет. При этом НКО имеет право уменьшить сумму перечисляемого налога на стоимость товаров и услуг, которые приобретены за счет ее «коммерческой» деятельности и использованы также на «коммерческую» деятельность.

НКО, у которых общая сумма поступлений от коммерческой деятельности за три предыдущих календарных месяца не превысили 2 миллиона рублей, могут получить освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика по НДС.

При этом необходимо помнить, что суммы полученных пожертвований, грантов, иного целевого финансирования НКО, не являются объектом для обложения НДС, ввиду того что такие операции не признаются реализацией товаров/работ/услуг. Соответственно, при переквалификации полученных доходов в налогооблагаемые ФНС может доначислить и обязать уплатить НДС наряду с налогом на прибыль.

Однако, если НКО находится на общей системе налогообложения, важно не забывать представлять налоговую декларацию по НДС, даже если по факту операций, облагаемых этим налогом, в отчетном периоде не было. Подавать декларацию необходимо ежеквартально, не позднее 25го числа месяца, следующего за истекшим кварталом, исключительно в электронной форме.

Налогу на прибыль посвящена глава 25 Налогового кодекса РФ. Ставка налога — 20%, с 2025 года — 25% от разницы между доходами и расходами организации, определенными в соответствии с положениями главы 25 НК РФ.

Самое важное при расчете налога на прибыль, подлежащего уплате в бюджет — правильно классифицировать доходы, которые поступают в некоммерческую организацию.

Расходы некоммерческая организация принимает к учету в соответствии с правилами, также установленными 25 главой НК РФ.

Целевое финансирование (гранты) и целевые поступления (в частности, пожертвования, членские взносы) некоммерческим организациям освобождаются от обложения налогом на прибыль статьей 251 НК РФ. При этом важно помнить, что НКО обязана вести раздельный учет доходов и расходов, полученных в рамках целевого финансирования. Если у организации не будет такого учета, полученные доходы будут рассматриваться как подлежащие налогообложению.

Квартальные декларации по налогу на прибыль должны быть представлены в ФНС до 25 числа месяца, следующего за истекшим кварталом. Годовая декларация — до 25 марта года, следующего за отчетным.

Некоммерческие организации, которые не имели в течение года облагаемых налогом на прибыль поступлений, обязаны сдавать декларацию только 1 раз в год, по итогам года с приложением отчета о целевом использовании полученных средств. Квартальную отчетность в этом случае можно не представлять.

Некоммерческие организации редко являются плательщиками налога на имущество, так как объектом налогообложения является недвижимое имущество, учитываемое НКО в бухгалтерском учете как основное средство.

Налоговая база по налогу на имущество определяется или как среднегодовая стоимость имущества, признаваемого объектом налогообложения, или в отношении отдельных объектов недвижимого имущества, как их кадастровая стоимость, внесенная в Единый государственный реестр недвижимости.

Налоговые ставки устанавливаются законами субъектов России и по общему правилу не могут превышать 2,2%. Авансовые платежи по налогу на имущество необходимо перечислить в бюджет не позднее 28 числа месяца, следующего за истекшим отчетным кварталом. Срок уплаты налога на имущество: 28 февраля следующего года. Срок подачи декларации — 25 марта. Так как сроки уплаты наступают раньше срока представления декларации, организация должна включить информацию о налоге на имущество в уведомление о начисленных налогах.