Одной из особенностей некоммерческой организации, созданной в организационно-правовой форме «фонд», является ликвидация исключительно по решению суда. Определяя сроки ликвидации, необходимо помнить, что в данном случае предполагается не только вынесение соответствующего решения суда, но и вступление этого решения в законную силу. Наличие указанной стадии существенно увеличивает сроки ликвидации фондов по сравнению с иными организационно правовыми формами НКО (в среднем, проведение такой процедуры для фондов занимает около года).
Для фондов предусмотрены особые основания ликвидации. В соответствии с частью 2 статьи 18
Федерального закона «О некоммерческих организациях» решение о ликвидации фонда принимается только судом по заявлению заинтересованных лиц. Такими заинтересованными лицами могут быть органы государственной власти — прокурор или уполномоченный орган, сам фонд, учредители фонда, попечительский совет фонда. При этом можно утверждать следующее: если инициатива о ликвидации исходит от самого фонда в лице его органов, ликвидацию можно считать добровольной.