Да, у единоличного исполнительного органа должна быть электронная цифровая подпись (ЭЦП). П.5 ст.18 Федерального закона от 06.12.2011 N 402-ФЗ «О бухгалтерском учете» обязывает организации, в том числе НКО (за исключением религиозных) представить обязательный экземпляр бухгалтерской (финансовой) отчетности в электронном виде для формирования ГИРБО, следовательно, такой экземпляр должен быть подписан электронно, с помощью ЭЦП.