Нужно ли НКО вести раздельный учет доходов (расходов), полученных (произведенных) в рамках средств целевого финансирования и целевых поступлений, от иных доходов (расходов)?

Да, нужно. Вести раздельный учет полученных доходов и произведенных расходов в рамках средств целевого финансирования и целевых поступлений от доходов (расходов), полученных (произведенных) от приносящей доход деятельности некоммерческие организации обязывает и Налоговый кодекс РФ (пп. 14 п.1 и п.2 ст.251 НК РФ), и Федеральный закон «О некоммерческих организациях» (ст. 24 Закона).