Будет ли считаться рекламой благодарность партнерам, оказавшим поддержку НКО, размещенная в СМИ?

Квалификация такой информации будет зависеть от контекста: простое упоминание партнера рекламой являться не будет, но СМИ будет внимательно следить за вашим текстом и не даст скорее всего нарушить закон, ибо средства массовой информации в целом хорошо ориентируются в рекламном законодательстве и находятся под постоянным «присмотром» как Роскомнадзора, так и ФАС.